22 июня 1941 г. митрополит Сергий первым в стране объявил о начале войны и призвал православных к защите Родины от фашистских разбойников, пытающихся поработить советский народ. Митрополит подчеркнул, что православная церковь в минуты испытаний разделяла судьбу народа и благословляло его на всенародный подвиг. Пастырский долг ободрять малодушных, напоминать о долге колеблющимся, благословлять защитников отечества, поддерживать веру в неизбежность победы.
Сталин одобрил позицию церкви, дал указание распечатывать ее призывы и сбрасывать с самолетов в оккупированных районах. Воззвание Сталина к народу, обращенное к братьям и сестрам, было сформулировано в христианском духе. Яростная борьба с «опиумом для народа» уступила место сотрудничеству церкви и государства. Сталин неоднократно встречался в Кремле с митрополитом и первоиерархами Православной Церкви, не препятствовал налаживанию ее деятельности.
Был открыт банковский счет, на который отчислялись средства на оборону, собранные у прихожан церквей. Тогда недорогая церковная лавка была не доступна для многих людей русского мира, как это сейчас. Налаживание отношений государства с церковью способствовало улучшению отношения эмигрантов и союзников к СССР и противодействию расчетам Гитлера привлечь на свою сторону оккупированное население открытием православных церквей.
В 1943 г. правительство установило порядок открытия церквей, позволивший восстановить функционирование закрытых церквей и амнистировать репрессированных деятелей церкви. Налаживание отношений церкви с государством способствовало увеличению объема материальной помощи союзников, открытию второго фронта, активизации борьбы восточноевропейских народов с фашистами, притоку православных добровольцев из Европы в Советскую Армию.
Таким образом, Православная Церковь во время войны не только духовно поддержала население страны, но и оказала реальное содействие приближению победы над фашистами.